Những người tị nạn Việt Nam đầu tiên đến Hồng Kông sau ngày 30 tháng 4 năm 1975. Thuyền nhân được đưa đến trại tị nạn dân sự trên đường Chatham trước khi chuyển đi, trại này chỉ hoạt động đến năm 1977.[3] Đến năm 1979, làn sóng bài Hoa tại Việt Nam khiến một lượng lớn thuyền nhân phải chạy sang các lãnh thổ châu Á khác. Chỉ trong 20 năm có khoảng 203.000 thuyền nhân trái phép đến đồng bằng sông Châu Giang.[4] Năm 1978, chính quyền Hồng Kông quyết định chuyển căn cứ Không quân Hoàng gia cũ thành Trại tị nạn Khải Đức nằm dưới quyền Sở Tù giam quản lý. Kể từ đó, Sở tham gia vào việc quản lý người Việt Nam di cư.[5] Cùng năm đó, Sở Trại giam đã giải thể Trung tâm cai nghiện Ma Bộ Bình ở Đường Phúc, Đại Tự Sơn để mở thêm một trại. Các nhân viên công lực vốn đang quen với việc quản lý tù nhân, phải thay đổi với đối tượng mới từ xa đến không phải là tội phạm, trong đó có phụ nữ và trẻ em, cần được đối xử nhân đạo.[1]

Năm 1979, sự kiện 2.700 người kẹt trên tàu Skyluck làm vấn đề thêm trầm trọng. Năm ấy cũng chứng kiến số người đến tị nạn lên đến kỷ lục hơn 68.700.[6][7] Khi lượng người tị nạn gia tăng, nhà chức trách Hồng Kông chuyển các nhà tù và doanh trại cũ của quân đội Anh thành trại tị nạn nhưng vẫn không đáp ứng nổi tất cả.[8]

Năm 1982, chính quyền Hồng Kông thay đổi quy định những thuyền nhân nhập cảnh sau ngày 1 tháng 7 phải vào trại cấm, không được phép ra ngoài hay rời trại đi làm. Sở Trừng giới cải tổ cũng chuyển một số nhà tù thành trại cấm.[9] Trong cùng năm, Sở Trừng giới thành lập đơn vị chuyên trách và bắt đầu tuyển dụng thêm nhân viên tạm thời để tham gia quản lý người tị nạn. Những nhân viên này được đào tạo chuyên sâu trong hai tuần về các quy định nhập cư, quy chế trại, kỹ năng tuần hành và quản lý đám đông, đặc biệt là tiếng Việt giao tiếp. Đến cuối năm 1998, Sở đã thuê tới 1.813 nhân viên tạm thời.[10]

Do là "cảng tị nạn đầu tiên", số lượng thuyền nhân đến Hồng Kông liên tục tăng trong thập niên 1980, trung bình mỗi năm phải đón 20.000 đến 30.000 người mới làm đầy ắp các trại của Sở Trừng giới.[11] Sở buộc phải thành lập thêm trại giam, thậm chí chỉ định các tòa nhà công nghiệp ở Đồn Môn để đáp ứng nhu cầu chỗ ở cấp thời cho thuyền nhân.[10] Năm 1988, nhà cầm quyền bãi bỏ chính sách trại cấm, thay thế bằng chính sách sàng lọc khiến Sở Trừng giới đặt ra vị trí "Trợ lý sở trưởng (sự vụ thuyền nhân Việt Nam)".[12] Mặt khác, chính quyền Hồng Kông thiết lập các trại lớn tại Bạch Thạch ở Mã An Sơn và Hồ chứa Vạn Nghi ở Tây Cống tập trung số lượng đông thuyền nhân.[10]

Thập niên 1990, chính quyền Hồng Kông bắt đầu thực hiện các hoạt động hồi hương có trật tự để đảm bảo thuyền nhân trở về Việt Nam an toàn, số lượng liền suy giảm. Tuy nhiên, một số thuyền nhân không muốn hồi hương mà mong đợi được định cư ở nước thứ ba. Họ bất mãn và chống đối, thậm chí bùng phát bạo loạn.[13] Nổi tiếng nhất là trại Bạch Thạch với hai bạo loạn nổ ra năm 1994 và 1996.[14][15] Nổi tiếng thứ nhì là vụ cảnh sát đàn áp bạo loạn trại Thạch Cương khiến 24 người tị nạn thiệt mạng năm 1991.[16] Quá trình hồi hương diễn ra suôn sẻ, các trại tị nạn dần bị đóng cửa và quay lại mục đích sử dụng lúc trước. Năm 1997, chức vụ "Trợ lý sở trưởng (sự vụ thuyền nhân Việt Nam)" bị bãi bỏ.[17] Đến năm 1998, trại Vạn Nghi tại Tây Cống chính thức đóng cửa, chấm dứt hoạt động về thuyền nhân Việt Nam của Sở Trừng giới.[18]